Vuonna 1991 Makedonian sosialistinen tasavalta itsenäistyi Jugoslaviasta kansanäänestyksellä, mutta joutui varsin pian kiistaan naapurimaa Kreikan kanssa. Kreikan mukaan “Makedonia” on historiallinen alue, joka ulottuu kummankin maan nykyisille alueille, mutta koska sen kulttuuri oli ollut nimenomaan kreikkalaista, ainoastaan Kreikan tulisi saada käyttää nimeä Makedonia. Kreikka myös pelkäsi, että Makedonialla olisi haluja liittää itseensä Pohjois-Kreikassa olevan Kreikan Makedonian alueen.
Lippu
Itsenäistyttyään Makedonia otti käyttöönsä punaisen lipun, jossa oli keltaisella ns. Verginan aurinko. Kreikan Makedonian lippu on muuten samanlainen, mutta taustaväri on tumman sininen. Kreikka piti tätä jälleen yrityksenä haalia Kreikalle kuuluvia alueita. Vuonna 1995 Makedonia suostui muuttamaan lippunsa nykyiseen muotoon
. Koska Kreikka ja Makedonia olivat ilmiriidassa maan nimen takia, Kreikka ilmoitti estävänsä Makedonian pääsyn sekä Euroopan unioniin että Natoon, joissa molemmissa vaaditaan yksimielinen päätös uusien jäsenmaiden hyväksymisestä.
Ratkaisu
Nimikiistaan alkoi löytyä ratkaisu, kun Makedonian pääministeri Zoran Zaev ja Kreikan pääministeri Alexis Tsipras allekirjoittivat ns. Préspan-sopimuksen 17. kesäkuuta 2018. Sopimuksen nojalla Kreikka ei enää estä Makedonian EU- ja Nato-jäsenyyksiä ja Makedonia valitsee esim. jonkin etuliitteen viralliseen nimeensä. Tuloksena maa vaihtoi virallisesti nimekseen Pohjois-Makedonian tasavalta. Presidentti G’orge Ivanov ei aluksi hyväksynyt nimimuutosta ja hidasti sitä, minkä pystyi. Maassa käytiin kuitenkin toukokuussa 2019 presidentinvaalit ja uudeksi presidentiksi valittiin Stevo Pendarovski, joka haluaa maansa liittyvän pikimmiten EU:hun ja Natoon.